Développement d'un outil pour la sélection assistée par marqueurs chez le ray-grass anglais

Les variétés fourragères sont des variétés synthétiques obtenues par intercroisement en panmixie d’un certain nombre de constituants sélectionnés selon des schémas de sélection récurrente. Cette stratégie d’amélioration a permis un progrès génétique indéniable, mais son efficacité pourrait être accrue grâce à l’utilisation de marqueurs moléculaires. L’objectif de cette étude était de développer un outil permettant de génotyper facilement plusieurs milliers d’individus avec une centaine de marqueurs répartis sur l’ensemble du génome chez le ray-grass anglais. La stratégie a été de développer des couples d’amorces dans des régions conservées encadrant un intron pour amplification et séquençage dans les génotypes d’intérêt (parents de polycross). Les séquences ont ensuite été utilisées pour développer des marqueurs SNP. Au total, nous avons développé 363 couples d’amorces bien répartis sur le génome et présentant une amplification correcte chez le ray-grass anglais. De plus, ces amorces ont montré une excellente transférabilité à d’autres espèces de graminées fourragères (de 73 à 97 % pour les fétuques et 77 % pour le dactyle). L’étude du polymorphisme sur sept génotypes de ray-grass anglais a révélé en moyenne un SNP toutes les 42 bases. Seulement 38 % des SNP étaient hétérozygotes chez plus d’un génotype, ceci a conduit à développer des marqueurs SNP spécifiques à chacun des sept génotypes pour l’étude de la ségrégation de leurs descendances respectives.